孕囊跟卵黄囊是不一样的，一般情况下卵黄囊是存在于孕囊之中的，两者是完全不同的物质。而在孕早期，孕囊的大小和形态还有其位置是判断妊娠是否正常的一个重要根据。卵黄囊是最初胚胎造血的一个场所，最后会发育成胎儿的形态，其大约在怀孕5周左右会逐渐形成，因此都是先有孕囊才会有卵黄囊。

临床上黄囊是胚胎发生体褶后，原肠则明显地分成胚内的原肠和胚外的卵黄囊，内包有大量卵黄，卵黄囊的壁由胚外内胚层和胚外中胚层形成。而孕囊是原始的胎盘组织，被羊膜、血管网包裹的小胚胎，这两者并不是同一种东西。

孕囊是怀孕早期整个胚胎的组织成分，孕囊里面会有一些液体成分属于早期的羊水，卵黄囊是在孕囊中的一部分，卵黄囊是将来发育成胎儿的部分，所以孕囊和卵黄囊是不一样的。，如果超声检查有孕囊没有卵黄囊，那么这种不会发育成胎儿，多数会胚胎停止发育或者是流产，卵黄囊一般在五周以后才逐渐出现。如果到6至7周都不见卵黄囊，就属于发育异常。